Le GANIL est organisé sous la forme d'un Groupement d'Intérêt Economique. Le Groupement d’Intérêt Economique (GIE) GANIL a été créé par le CEA (Direction de la recherche fondamentale) et le CNRS (Institut national de physique nucléaire et de physique des particules) en 1976 avec pour objectif de construire un complexe d’accélérateurs d’ions lourds à Caen. Il a été établi pour une durée initiale de 30 ans puis prolongé jusqu'en 2046.

Aujourd’hui, la mission du GIE GANIL est  de mettre en commun les savoir-faire et les moyens techniques de ses membres, en vue de leur permettre de concevoir, réaliser et réussir des expériences et projets scientifiques en physique nucléaire ainsi que dans des domaines pluridisciplinaires ayant recours aux faisceaux d’ions (radiothérapie et hadronthérapie, physique des matériaux, de l’atome…). La mutualisation des moyens permet également d’assurer l’exploitation des très grands équipements de recherche intégrés au laboratoire. Les études sont menées en lien avec la communauté nationale, européenne et internationale, notamment grâce à l’accueil d’équipes de recherche.

L’Assemblée des membres du GIE, CEA et CNRS, réunie le 14 décembre 2015, s’est prononcée pour le prolonger à nouveau pour 30 ans, compte tenu notamment du démarrage de la nouvelle installation SPIRAL2 attendu en 2016 et de la durée de vie importante de ce type d’équipement, totalement intégré au laboratoire.

A l’occasion de cette prolongation, un article incluant la notion de « partenaires scientifiques » permet d’associer au GIE de nouveaux organismes nationaux et internationaux.